POP3 ou IMAP, qual protocolo utilizar?

Depende de sua preferência. Abaixo seguem as características de cada:

POP3: Baixa todas as mensagens, completas, de sua caixa de entrada para seu computador. As mensagens no servidor sempre são apagadas após serem baixadas, a não ser que active a opção no seu programa de e-mail de "Deixar cópia do e-mail no Servidor". Apenas a pasta Inbox pode ser acedida.

IMAP: Copia para seu computador apenas um cabeçalho de cada mensagem. Ao acessar cada cabeçalho a mensagem é copiada para seu computador. As mensagens são mantidas no servidor. Permite que você acesse seus e-mails através de seu gerenciador de e-mail em vários computadores e pelo webmail ao mesmo tempo. Todas as pastas do webmail podem ser acessadas.